VCF

Header

• Number=.(알 수 없는 번호)
• 1보다 큰 모든 Number
• Number=G(유전자형당 값 하나) 및 Number=R(각 대체 및 기준에 대해 값 하나)
• Number=A(각 대체에 대해 값 하나), --split_alternate_allele_info_fields가 False로 설정된 상태로 도구를 실행할 경우만 해당

 

           -a, --annotate LIST
               Comma-separated list of FORMAT and INFO tags to output. (case-insensitive, the
               "FORMAT/" prefix is optional, and use "?" to list available annotations on the
               command line) [null]:

                   *FORMAT/AD* .. Allelic depth (Number=R,Type=Integer)
                   *FORMAT/ADF* .. Allelic depths on the forward strand (Number=R,Type=Integer)
                   *FORMAT/ADR* .. Allelic depths on the reverse strand (Number=R,Type=Integer)
                   *FORMAT/DP* .. Number of high-quality bases (Number=1,Type=Integer)
                   *FORMAT/SP* .. Phred-scaled strand bias P-value (Number=1,Type=Integer)

                   *INFO/AD* .. Total allelic depth (Number=R,Type=Integer)
                   *INFO/ADF* .. Total allelic depths on the forward strand (Number=R,Type=Integer)
                   *INFO/ADR* .. Total allelic depths on the reverse strand (Number=R,Type=Integer)

                   *FORMAT/DV* .. Deprecated in favor of FORMAT/AD;
                           Number of high-quality non-reference bases, (Number=1,Type=Integer)
                   *FORMAT/DP4* .. Deprecated in favor of FORMAT/ADF and FORMAT/ADR;
                           Number of high-quality ref-forward, ref-reverse,
                           alt-forward and alt-reverse bases (Number=4,Type=Integer)
                   *FORMAT/DPR* .. Deprecated in favor of FORMAT/AD;
                           Number of high-quality bases for each observed allele (Number=R,Type=Integer)
                   *INFO/DPR* .. Deprecated in favor of INFO/AD;
                           Number of high-quality bases for each observed allele (Number=R,Type=Integer)

 

 

Reference

- http://manpages.ubuntu.com/manpages/bionic/man1/bcftools.1.html

- https://cloud.google.com/life-sciences/docs/how-tos/load-variants/?hl=ko&refresh=1%29%2C