Biology23 [Metabolism] Glycolysis Biochemistry https://youtube.com/playlist?list=PLTF9h-T1TcJhcNo9M1VFXz6rMKT6CM_wd - [Metabolism] Glycolysis, https://youtu.be/gggC9vctvBQ - [Metabolism] Regulation of Glycolysis, https://youtu.be/xoqyF6DJZ-Y - Exercise and Insulin Stimulated Glucose Uptake by Skeletal Muscle, https://youtu.be/9UVl4HQ2V1Q - Structure of the Cell Membrane, https://youtu.be/RT61MUjogRo 2023. 1. 23. Prevalence vs. Incidence Prevalence : 특정 시점 또는 특정 기간 동안 특정 모집단에서 발생한 질병 사례의 수. Incidence : 특정 기간 동안 특정 인구에서 새로운 질병 사례가 발생하는 비율 2022. 9. 28. Cell ratio 2022. 1. 3. Structural Variants Types of Structural variants * Copy number variants (CNVs): - Deletions - Duplications * Copy neutral rearrangements: - Inversions - Translocations * Other structural variants: - Novel insertions - Mobile-element transpositions Reference - Genome structural variation discovery and genotyping, https://doi.org/10.1038/nrg2958 - Structural Variant Calling, https://youtu.be/7HbbAea7sKA 2021. 8. 3. What is protein? What is a Protein? - https://youtu.be/qBRFIMcxZNM - https://youtu.be/wvTv8TqWC48 - Amino Acids – the Building Blocks of Proteins,https://www.technologynetworks.com/applied-sciences/articles/essential-amino-acids-chart-abbreviations-and-structure-324357 - https://www.youtube.com/user/RCSBProteinDataBank/videos 2021. 7. 14. Proteomics Proteomics : With approximately 10 billion protein molecules, one single ceel has an interactive network that is as complex as that of all humans currently living on planet earth. These protein networks determine the health of a cell and thereby the health of the entire organism they are apart of. So it is to understand that the study of these proteins in their relationships is crucial. This stu.. 2021. 7. 4. Thymus Thymus, 가슴생, 흉선 : 가슴뼈 뒤쪽에 위치한 면역계의 특별한 기관이자 척추동물의 내분비샘 가운데 하나이다. 면역계에서 중추 림프구를 담당하고 있는 기관이다. 흉선 내에서 T세포가 성숙한다. T세포는 신체가 외부 병원체에 후천 면역을 하는데 중요한 역할을 한다. 흉선은 사춘기에 가장 커졌다가 성인이 되면서부터 점차 퇴화한다. Reference - https://ko.wikipedia.org/wiki/가슴샘 - Overview of the Thymus Gland, https://www.thoughtco.com/thymus-anatomy-373250 2021. 7. 2. Landmark gene 인간의 유전자는 약 22,000개이며 유전자 간의 상호작용이 있다. 유전자 간의 상호작용을 연구한 발현 데이터를 모아 CMAP(Connectivity Map) 데이터베이스를 만들었다. 이렇게 모여진 데이터에서 전체 유전자 발현 양상 정보의 약 80%를 가지고 있는 978개의 유전자를 landmark gene이라고 정의하고, 이 외에 연구하고자 하는 유전자를 target gene이라고 한다. Reference - https://clue.io/connectopedia/cmap_overview - http://www.incodom.kr/Connectivity_Map - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ - https://clue.io/command 2021. 6. 21. Gene family - Homolog : homology between protein or DNA sequences is defined in terms of shared ancestry - Ortholog : Orthologs, or orthologous genes, are genes in different species that originated by vertical descent from a single gene of the last common ancestor. - Paralog : if a gene in an organism is duplicated to occupy two different positions in the same genome, then the two copies are paralogous. Ref.. 2021. 6. 1. DESeq2 - Library normalization $ conda install gxx_linux-64 DESeq2 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("tximport") BiocManager::install("DESeq2") https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.html https://sites.tufts.edu/biotools/files/2019/04/bioinformatics_for_rnaseq_day2.pdf library(DESeq2) library(vsn) library(ggplot2).. 2021. 5. 18. Gene expression Terminology - RPKM (Reads Per Kilobase Million) is for single end RNA-seq. - FPKM (Fragments Per Kilobase Million) is for paired end RNA-seq. - TPM (Transcripts Per Million) - Gene-level quantification : count the number of reads that map (i.e. align) to each gene (read count) - library : In molecular biology, a library is a collection of DNA fragments that is stored and propagated in a populati.. 2021. 5. 18. Heritability 자신이 정한 기준의 형질을 가지고 있는 품목을 재배할 때, 유전자 외의 변수로 인해 다른 형질이 생성되면 상품으로써 문제가 된다. 이를 유전력(heritability)으로 정의하여 형질 변화의 척도로 활용한다. 유전력, h2, 는 다음과 같이 정의한다. Genotypic variation은 유전자에서 발현이 되는 것을 의미하며, phenotypic variation은 유전자 발현과 더불어 다양한 환경적 요인에 의해 결정되는 형태를 말한다. h2 = 0 이란 말은 유전자가 아닌 환경에 영향을 받는 다는 뜻이며, h2 =1 은 환경에 상관없이 유전자에 영향을 받는다는 뜻이다. 유전력이 높다는 것은 단지 그 형질에 대한 육종가와 표현형 사이의 강한 상관 관계가 있다는 것이다. Reference - https:.. 2021. 5. 17. mRNA Vaccine mRNA 백신은 mRNA가 코팅되어 있고, 팔뚝에 주사하게 된다. 주입된 mRNA는 세포로 들어가게되고, 리보솜으로 간다. 리보솜에서 mRNA를 읽어 스파이크 단백질(piece of spike protein)을 만든다. 이후, 스파이크 단백질을 만드는데 관여했던 mRNA는 RNases에 의해 파괴된다. ( Vaccine mRNA는 세포핵에 들어가지 않고, 세포의 DNA를 바꾸지 않는다. ) 생성된 스파이크는 세포 표면으로 올라간다. immune system에 의해 스파이크가 붙은 세포는 정상세포가 아님을 인식하도록 하게되고, B lymphocytes 에서 antibody를 만들도록 한다. 바이러스가 침투하면, 만들어진 antibody는 바이러스 spike에 달라붙게 되고, 이 세포를 dendritic c.. 2021. 5. 8. 암치료에 대한 생각 약물을 통한 암치료를 하다보면 약물에 대한 내성으로 인해 약물을 주입하여도 치료가 되지 않는다. 내성이 생기는 이유는 무엇일까? 내성이 생기는 이유로는 1. 약물에 반응하지 않는 유전자를 가진 암세포들만 살아남았기 때문일수 있고, 2. 암세포에 변이가 일어나 약물에 반응하지 않게 되는 경우가 있다. (위 두 가지 외에도 약물이 작용하는 원리에 따라 다양한 방식의 약물이 작동하지 않는 이유가 있다.) 사용하는 약물에 내성이 생기면, 다른 약물을 넣어서 암치료를 시도한다. 하지만 교차저항(cross-resistance)을 보인 약물일 경우, 치료에 사용할 수 있는 약물은 현저하게 줄어들게 된다. 약물을 주입하는 방식도 고려해야 한다. 혈액을 통해 약물을 주입한다고 해보자. 혈액을 통과한 약물이, 타겟으로 하.. 2021. 4. 26. DNA 5' to 3' direction DNA가 나선 모양으로 꼬이는 것은 일차적으로 디옥시리보스와 인산의 중합 형성으로 생기는 구조 때문이다. DNA(DeoxyriboNucleic Acid): Deoxyribose와 인산기(phosphate)를 backbone으로 사용하고, ACGT 염기가 붙는다. RNA(RiboNucleic Acid): Ribose와 인산기를 backbone으로 사용하고, ACGU의 염기가 붙는다. Reference - https://m.blog.naver.com/applepop/220417203594 - 의사들을 위한 유전체의학 특강10, http://www.medigatenews.com/news/3261360825 2021. 4. 15. Immunotherapy 보호되어 있는 글 입니다. 2021. 4. 14. HLA, Human Leukocyte Antigen https://bgreat.tistory.com/146?category=575079 - IPD-IMGT/HLA Database : https://github.com/ANHIG/IMGTHLA $ wget https://github.com/ANHIG/IMGTHLA/raw/Latest/hla.dat Reference - HLA검사, https://labtestsonline.kr/tests/hla - Human Leukocyte Antigen, https://en.wikipedia.org/wiki/Human_leukocyte_antigen - https://elifesciences.org/articles/48476 - 주조직 적합성 복합체 MHC, https://ko.wikipedia.org/wiki/주조직 적.. 2021. 4. 13. Immune-Related Adverse Events 암면역치료제는 다양한 면역관련 이상반응(immune-related adverse event, irAE)를 동반. 이전 세포독성항암제에서는 볼 수 없었던 부작용으로서, 특히 면역 반응과 밀접한 연관을 가지고 있는 내분비계에 대한 irAE도 높은 빈도로 보고되고 있다. 면역 치료제 관련 이상반응 - 갑상선염 (Thyroiditis) - 뇌하수체염 (Hypophysitis) - 부신염 (Adrenalitis) * 부신 : 신장위에 붙어있는 기관, 스테로이드 호르몬과 아드레날린이 만들어짐. - 제1형 당뇨병 (Type 1 diabetes mellitus) - 부갑상선염 (Parathyroiditis) Reference - 암면역치료 연과 내분비 이상반응, https://synapse.koreamed.org/up.. 2021. 4. 12. White Blood Cell Reference - White blood cell, https://en.wikipedia.org/wiki/White_blood_cell - 백혈구, https://namu.wiki/w/백혈구 2021. 4. 12. Cytosis Cytosis is a transport mechanism for the movement of large quantities of molecules into and out of cells. There are three main types of cytosis: endocytosis (into the cell), exocytosis (out of the cell), and transcytosis (through the cell, in and out). Reference - Cytosis, https://en.wikipedia.org/wiki/Cytosis - Endocytosis, https://en.wikipedia.org/wiki/Endocytosis 2021. 4. 12. Immune checkpoint Immune checkpoint : Cytotoxin T cell 수용체(receptor) PD1에 리간드(ligand) PDL1가 결합하여 Cytotoxin T cell을 비활성화 시킨다. Usage - TMB : tumor mutation burden, 종양 돌연변이 빈도 - ICT : Immune checkpoint therapy - CD8 : cluter of differentiation 8 - TCR : T-cell receptor - PD1 : programmed cell death receptor 1 - PDL1 : programmed cell death receptor ligand 1 - CTLA4 : cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 4 - MHC.. 2021. 4. 8. Protein fold 단백질은 자연에 존재하는 20가지의 아미노산들이 펩타이드 결합으로 연결되어 있고, 이를 단백질의 기본구조(primary structure) 또는 1차구조라고 한다. 아미노산이 어떻게 모이느냐에 따라 국소적으로 안정한 나선형의 헬릭스 구조, 평평한 베타시트 구조를 이루고 또 특별한 모양이 없는 코일구조 등을 만들게 된다. 이를 단백질의 2차구조(secondary structure)라고 한다. 이러한 2차구조들이 서로 상호작용을 하면서 전체적으로 3차원적인 고유한 모양 (native structure)를 가지며, 이를 단백질의 3차구조(tertiary structure)라고 부른다. 각각의 단백질이 생체 내에서 각자 고유한 3차구조를 갖는다. 다시말해 단백질의 모양, 그 3차구조는 아미노산의 서열만으로 결정.. 2021. 3. 9. Nice pictures in Biology https://www.thoughtco.com/biology-4133580 - Meiosis https://www.thoughtco.com/meiosis-study-guide-373508 - Homologous Chromosomes https://www.thoughtco.com/homologous-chromosomes-definition-373469 - Nondisjunction https://www.thoughtco.com/nondisjunction-definition-and-examples-4783773 - DNA Transcription https://www.thoughtco.com/dna-transcription-373398 2020. 9. 14. 이전 1 다음
