etc26 temp 보호되어 있는 글 입니다. 2024. 7. 8. English level https://oxfordhousebcn.com/en/levels/ 2023. 2. 26. MariaDB 명령어 * 명령어는 소문자, 대문자 상관없다. 기본 명령어 SHOW DATABASES; CREATE DATABASE dbname; USE dbname; CREATE TABLE tablename (col1 int(10) col2 char(8)); DESC tablename; Table related, SHOW TABLES; SHOW TABLES LIKE '키워드%'; SHOW TABLES FROM 데이터베이스; SHOW TABLES FROM 데이터베이스 LIKE '키워드%'; SHOW INDEX FROM 테이블; SHOW TABLE STATUS; SHOW TABLE STATUS FROM 데이터베이스; SHOW CREATE TABLE 테이블; # 테이블 새이름으로 ALTER TABLE 테이블명 RENAME 새테이블.. 2022. 10. 25. MariaDB setting Installation sudo apt update && sudo apt upgrade sudo apt -y install software-properties-common sudo apt-key adv --fetch-keys 'https://mariadb.org/mariadb_release_signing_key.asc' sudo add-apt-repository 'deb [arch=amd64] http://mariadb.mirror.globo.tech/repo/10.5/ubuntu focal main' sudo apt install mariadb-server mariadb-client -y ## if you meet some error about libssl1.1, then echo "deb http:/.. 2022. 10. 25. 바로가기 shell:AppsFolder 전원끄기: shutdown -s -t 0 화면스케치: ms-penworkspace://Capture PC화면만: displayswitch.exe /internal PC화면확장: displayswitch.exe /extend 화면잠금: C:\Windows\System32\rundll32.exe user32.dll, LockWorkStation shell:startup Sound Keeper https://veg.by/en/projects/soundkeeper/ Color Red #ff004f #EA4335 Blue #008bfb #4285F4 Orange #FBBC04 Green #34A853 SAS 현재 행 축소 선택 영역을 아래로 확장 모든 접힌 블록 확대 기능키 F9 z.. 2022. 10. 3. [Excel] 하이퍼링크, 시트정렬 엑셀에서 URL 주소가 스트링으로 되어있을 때가 있다. 하이퍼링크로 만드는 방법은 다음과 같다. =hyperlink(URL주소, [표시할이름]) or = =hyperlink("#"&시트명&"!A1",[표시할이름]) 매크로를 사용하는 방법도 있다. [ Alt+F11 => Insert => Module ] Public Sub Convert2Hyperlinks() Dim Cell As Range For Each Cell In Intersect(Selection, ActiveSheet.UsedRange) If Cell "" Then ActiveSheet.Hyperlinks.Add Cell, Cell.Value End If Next End Sub 엑셀에서 영역을 선택한 후 VB 창에서 F5를 누르거나, [ Alt.. 2022. 9. 14. pathlib in python 보호되어 있는 글 입니다. 2022. 8. 18. [DB] SQL with python Python에서 db 파일을 불러오거나 생성하여 데이터를 처리해 보자. import sqlite3 con = sqlite3.connect('test.db') cur = con.cursor() sqlite3 패키지는 python3에 기본으로 내장되어 있다. 우선 DB에 접근하기 위해 파일을 연결시켜야 한다. cursor를 불러와 DB에 접근한다. cur.execute("CREATE TABLE IF NOT EXITS product (date text, item text, state text, ea real)") cur.execute("INSERT INTO product VALUES ('2022-05-30','CPU','SOLD',100)") product_list = [('2022-05-30','RAM','.. 2022. 5. 31. Markdown guide - https://www.markdownguide.org/basic-syntax/ Basic Syntax | Markdown Guide The Markdown elements outlined in the original design document. www.markdownguide.org - https://www.markdownguide.org/extended-syntax/ Extended Syntax | Markdown Guide Advanced features that build on the basic Markdown syntax. www.markdownguide.org - https://www.markdownguide.org/hacks/ Hacks | Markdown Guide Workarounds.. 2022. 3. 9. Common ancestor 예전에 공통 부모를 찾는 문제를 풀어야 했던 적이 있다. 그 당시에는 주어진 데이터를 데이터화 하는 단계에서 단순한 띄어쓰기 문제로 제대로 풀지 못했는데, 그때가 생각나서 검색을 해보니 데이터화 해주는 패키지가 있었다. PRONTO - https://github.com/althonos/pronto - https://buildmedia.readthedocs.org/media/pdf/pronto/latest/pronto.pdf 문제) 두 샘플 아이디가 주어졌을 때, 가장 낮은 depth의 공통 부모를 찾아라. from pronto import Ontology import sys try: hp1 = sys.argv[1] hp2 = sys.argv[2] except: hp1 = 'HP:0001166' hp2 =.. 2022. 1. 24. Read table data with Parquet https://parquet.apache.org/ Table 형식의 데이터를 읽고 쓰는데 많이 사용하는 형식은 CSV 이다. Linux shell에서나 Excel에서 읽고 쓰는데 편리하게 되어있다. CSV의 단점이라고 한다면 데이터가 커지면 읽고 저장하는데 시간이 걸린다는 것이다. 대안으로 parquet이 있다. Parquet은 column-based 읽기 쓰기 방식이다. (CSV는 row-based 이다.) Python에서 사용은 pandas에서 불러와서 사용하는 것과 같다. import pandas as pd df = pd.read_parquet('test.parquet') df.to_parquet('test2.parquet', compression='gzip') CSV vs. Parquet [345.. 2021. 10. 18. pandas - Merge, join, concatenate and compare https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/user_guide/merging.html result = pd.merge(left, right, how="left", on=["key1", "key2"]) 2021. 10. 8. TCGA data https://portal.gdc.cancer.gov/repository TCGA 에서는 DNA와 RNA 데이터를 여러가지 형태로 제공한다. 다음의 순서로 원하는 데이터를 다운로드 받는다. 데이터 정보 ( aligned by GRCh38 ) : https://docs.gdc.cancer.gov/Encyclopedia/pages/RNA-Seq/ 1. 데이터 선택 : [ Files ] 탭에서 데이터 분류를 선택하고, [ Cases ] 탭에서 데이터 종류를 선택한다. 2. 그래프 위쪽 부분에 [ Manifest ] 버튼을 눌러 데이터 리스트를 다운로드 받는다. : gdc_manifest.2021-08-27.txt 3. 데이터 정보를 JSON 형태로 다운로드 받는다. : files.2021-08-27.json .. 2021. 8. 30. 알기 쉬운 이야기 - 면역&바이러스 카이스트 신의철 교수의 알기 쉬운 이야기 면역 & 바이러스 https://www.youtube.com/watch?v=QPil0PrC0Uc&list=PLf5807GdKammQA-GAr2tlCi39fRSfJAdS 2021. 8. 5. Data - ChEMBL database, http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/target_predictions/MCP/ https://www.ebi.ac.uk/chembl/compound_report_card/CHEMBL27/ http://chembl.blogspot.com/2021/07/chembl-29-released.html - Korean Traditional Knowledge Portal, https://www.koreantk.com/ktkp2014/ - PharmDB ( disease - gene network ) : relation btw disease, drug and protein from multiple databases (comparative toxic.. 2021. 7. 30. [book] 나만의 유전자 ... 항체를 코딩하는 유전자는 몇 개의 조각으로 구성되며, 이 조각들이 무수한 방법으로 재배열된다. 또한 유전자 배열은 항체를 생성하는 세포에서만 일어난다. ... 골수(Bone marrow)에서 발달한 형질세포를 B-세포라고 한다. ... 면역세포는 발달과정에서 Thymus 를 통과하며, 이때 자기 조직에 반응하는 세포가 thymus에 걸러지고, 자기 조직에 반응하지 않는 면역세포만 남게 된다. ... 혈역형 : 적혈구 표면에 존재하는 당분자. ... 혈청 : 세포나 응고 인자들을 포함하지 않는 액체 부분. ... Class I A (1243), B (1737), C (884) ... 장기이식 : Class I A, B and Class II DR ... 골수이식 : Class I A, B, C an.. 2021. 7. 5. [github] Polypharmacy https://github.com/SunjooBang/Polypharmacy-side-effect-prediction https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab174 https://github.com/diitaz93/polypharm_predict https://github.com/NYXFLOWER/TIP 2021. 6. 24. Announcement 보호되어 있는 글 입니다. 2021. 6. 9. GRCh38 - format https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg38/bigZips/ Chromosomes: - made from scaffolds placed onto chromosome locations, 95% of the genome file - format: chr{chromosome number or name} - e.g. chr1 or chrX, chrM for the mitochondrial genome. Unlocalized scaffolds: - a sequence found in an assembly that is associated with a specific chromosome but cannot be ordered or oriented on that chromos.. 2021. 6. 7. [book] 확장된 표현형 p.299 .. 이른바 쓰레기 DNA가 자연 선택을 받는 대상이 아니라는 뜻은 아니다. 유기체가 얻는 적응적 이득이라는 의미에서 지금까지 다양한 '기능'이 제기되었다. 여분의 DNA가 발휘하는 '기능'은 "단지 유전자를 분리하는 것"일 수 있다(Cohen, 1977, p. 172). 어떤 NDA 구획은 전사되지 않아도 유전자 사이의 공간을 점유해 유전자 간의 고차 빈도를 높일 수 있으므로, 이는 일종의 표현형 발현이다. 따라서 스페이서 DNA는 교차 빈도에 영향을 준다는 이유로 어느 정도 자연 선택이 선호할 수 있다. 그러나 일정한 길이의 스페이서 DNA를 재조합률을 ㅇ'위한 유전자'와 같다고 보는 방법은 관습적인 용어 사용법에 맞지 않는다. 이런 이름을 얻으려면 유전자는 대립 유전자와 비교해 재조합률에.. 2021. 5. 30. GDC DNA-sequence analysis https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/DNA_Seq_Variant_Calling_Pipeline/ 2021. 4. 8. 다윈 다윈은 아직도 관찰 중이고, 진화론은 지금도 진화 중이다. - 김훈 외국에선 사기캐 위인 '진화론' 다윈, 한국에서만 모른다고? 최재천 교수가 알려주는 그의 모든 것 [다윈읽어드립니다 풀버전 EP.01] | 최재천 교수 https://youtu.be/cFWTY9CXId8 잔잔하게 듣는 '진화론' 다윈의 이야기! 위대한 과학자 다윈에게도 있었던 숨 막히는 흑역사 [다윈읽어드립니다 풀버전 EP.02] | 최재천 교수 https://youtu.be/ct9nxTfZ10E 수학 못하는 세계 최고의 과학자 다윈의 이야기, 지금부터 최재천 교수가 들려드립니다 [다윈읽어드립니다 풀버전 EP.03] | 최재천 교수 https://youtu.be/9fikjd3eB0g 종족 보존은 없는 본능이다. '동물 번식'의 숨겨진 비.. 2021. 2. 15. 유전체 회사 우시 넥스트코드 http://www.biotimes.co.kr/news/articleView.html?idxno=3200 http://www.biospectator.com/view/news_view.php?varAtcId=4356 2021. 2. 8. CMD on LINUX function p2v() { name=$1; plink2 --vcf $name --out ${name//.vcf.gz/} ${@:2};} # ${@:2:4} alias prl="bash -c '(for i in {1..22};do eval echo \$@ ;done) |parallel \"{}\" ' _" Command line argument: 더보기 $# Stores the number of command-line arguments that were passed to the shell program. $? Stores the exit value of the last command that was executed. $0 Stores the first word of the entered command .. 2020. 11. 6. 3billion's strategy https://3billion.io/product 쓰리빌리언에서 rare disease와 변이의 연관성을 확인하여 DTC(Direct to Customer) 서비스를 하기 위한 단계는 다음과 같을거라 예상한다. - Rare disease 와 관련있는 gene list 를 만든다. 약 20,000개. 홈페이지에서 제공. - 서비스를 원하는 사람의 sequencing을 하고, variant calling을 하여 exome region을 사용한다. - Rare disease related gene 영역의 sequencing 정보를 가져온다. - 선택된 영역과 phenotype, 즉 symptom과의 연관성을 찾아본다. - 이에 대한 해석은 ACMG guidelines(Richards S et al, 2015).. 2020. 10. 15. PDF dark mode in Chrome 눈의 피로도를 낮추기 위해서 dark mode 를 사용한다. Chrome의 확장기능인 Dark reader를 사용하고 있지만, 적용되지 않는 페이지가 있고, 가지고 있는 PDF 파일을 chrome에서 열면 적용되지 않는다. 다시말해, Local에 가지고 있는 PDF 파일을 chrome에서 열면, Dark reader를 활성화한 상태임에도 불구하고 dark mode 가 적용되지 않는다. 웹에서 불러들인 PDF 파일에는 적용되는데 local PDF는 적용되지 않는 것이다. 같은 고민에 대해 해결한 사람이 있어서 공유하며, 방법은 다음과 같다. Local PDF에 chrome 확장기능을 적용하기 위해서는 permission이 필요한데, chrome에서는 그냥 적용되지 않는다. 따라서 아래의 방법은 file:/.. 2020. 9. 14. 이전 1 다음
