PBWT (Positional Burrows-Wheeler Transform)
Phasing을 위해서 Li and Stephens model (LSM)을 사용한다. LSM의 계산속도를 높이기 위해서, 주어진 genotype에 대해서 가능한 haplotype을 만들어 Positional Burrows-Wheeler Transform (PBWT) 과정을 진행한다. PBWT에 대해 잘 정리된 글이 있어서 이해한 내용을 정리해 본다. # Haplotypes X = [[0, 1, 0, 1, 0, 1], # 0 [1, 1, 0, 0, 0, 1], # 1 [1, 1, 1, 1, 1, 1], # 2 [0, 1, 1, 1, 1, 0], # 3 [0, 0, 0, 0, 0, 0], # 4 [1, 0, 0, 0, 1, 0], # 5 [1, 1, 0, 0, 0, 1], # 6 [0, 1, 0, 1, 1,..
2020. 6. 9.
