ldpop1 LDpop Coalescent theory에 관한 글에서 coalescent probability는 lineage, n에 비해 population, N이 충분히 크다면 2-lineage로 근사하여 계산한다. 즉, 한 세대에 1쌍의 coalescence가 일어난다고 생각할 수 있다. 따라서 2-locus linkage로 부터 mutation이나 recombination rate를 구할 수 있다. LDpop은 recombination rate를 구하기 위해 two-locus의 likelihood를 계산하여 lookup table을 만들어주는 프로그램이다. 다른 프로그램과 다른 점은 population size가 변해도 정교하게 계산 가능하다는 것이다. - Repository : https://github.com/pop.. 2020. 7. 12. 이전 1 다음
