Nanopore

https://nanoporetech.com/

나노폴은 유전체를 읽는 NGS 다음 기술이다.

 

나노폴을 통과한 ACGT 염기서열에 따라 전류 세기 변화를 감지하여 판독한다. 즉, 염기서열이 저항이 되는 것이다.

 

Library 를 준비하는데 10분정도 걸리고, 샘플이 준비되면 sequencing은 실시간으로 이루어지며 약15분 후면 분석까지 마치게 된다.

 

장치는 MinION 이라고 부르며, 100g 미만의 소형 장치이다. 컴퓨터와 연결되어 전용 프로그램과 연동된다. 스마트폰에 연결한 분석도 가능한 것으로 보인다.

 

MinION device specification:

- 1 flowcell

- 2048 pores

- 512 sequence channels at a time

- 10-25 Gb data

- 1,000 dollars

- Long-lead sequencing from 10 kb to 2000 kb

 

The MinION sequencing device, https://doi.org/10.1016/j.gpb.2016.05.004

https://twitter.com/nanoporeconf/status/860190953302368257

 

 

 

Reference

- https://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=news&id=272589 

- https://chansnotes.github.io/2019/06/01/나노포어-시퀀싱이란

- https://chansnotes.github.io/2019/12/08/나노포어-데이터-분석-원리

- Introduction to nanopore sequencing, https://youtu.be/qzusVw4Dp8w

- Nanopore DNA sequencing, https://youtu.be/E9-Rm5AoZGw

- Loading a Oxford Nanopore flow cell, https://youtu.be/CC11Jlydqrc

- London Calling 2020: update from Oxford Nanopore Technologies, https://youtu.be/kPvjFr_li6Q