GRCh38 - format

https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg38/bigZips/

 

Chromosomes: 
- made from scaffolds placed onto chromosome locations, 95% of the genome file
- format: chr{chromosome number or name} 
- e.g. chr1 or chrX, chrM for the mitochondrial genome.

Unlocalized scaffolds: 
- a sequence found in an assembly that is associated with a specific 
chromosome but cannot be ordered or oriented on that chromosome. 
- format: chr{chromosome number or name}_{sequence_accession}v{sequence_version}_random
- e.g. chr17_GL000205v2_random

Unplaced scaffolds: 
- a sequence found in an assembly that is not associated with any chromosome.  
- format: chrUn_{sequence_accession}v{sequence_version}
- e.g. chrUn_GL000220v1

Alternate loci scaffolds: 
- a scaffold that provides an alternate representation of a locus found
  in the primary assembly. These sequences do not represent a complete
  chromosome sequence although there is no hard limit on the size of the
  alternate locus; currently these are less than 1 Mb. These could either 
  be NOVEL patch sequences, added through patch releases, or present in the 
  initial assembly release.
- format: chr{chromosome number or name}_{sequence_accession}v{sequence_version}_alt
- e.g. chr6_GL000250v2_alt

Fix loci scaffolds: 
- a patch that corrects sequence or reduces an assembly gap in a given
  major release. FIX patch sequences are meant to be incorporated into
  the primary or existing alt-loci assembly units at the next major
  release.
- these sequences are not part of the files in the initial/ directory
- format: chr{chromosome number or name}_{sequence_accession}v{sequence_version}_fix
- e.g. chr2_KN538362v1_fix