vcf2 VCF Header Number=.(알 수 없는 번호) 1보다 큰 모든 Number Number=G(유전자형당 값 하나) 및 Number=R(각 대체 및 기준에 대해 값 하나) Number=A(각 대체에 대해 값 하나), --split_alternate_allele_info_fields가 False로 설정된 상태로 도구를 실행할 경우만 해당 -a, --annotate LIST Comma-separated list of FORMAT and INFO tags to output. (case-insensitive, the "FORMAT/" prefix is optional, and use "?" to list available annotations on the command line) [null]: *FORMAT/AD.. 2021. 1. 21. checkVCF VCF 파일을 거의 다루다보니 BCFtools를 사용하게 되는데 stats 에서 잡아주지 못하는 것들이 있다. 예를 들어, VCF 파일에는 multi-allele가 있거나, indel 이 있어도 표시가 되지 않는다. VCF 파일의 정보를 좀 더 정확히 알려주는 툴이 있다. checkVCF.py - Github : https://github.com/zhanxw/checkVCF - Download : http://qbrc.swmed.edu/zhanxw/software/checkVCF/checkVCF-20140116.tar.gz Python2 를 기본으로 사용하고 다음과 같은 정보를 준다. checkVCF.py -- check validity of VCF file for meta-analysis version.. 2020. 9. 15. 이전 1 다음