Molecule design using Graph model 2

골격기반 분자 그래프 생성모델 (scaffold-based molecular generative model)
- 여러 물성을 만족하는 분자를 만들기위해 기본 골격을 유지하면서 분자를 추가하고 분석하여 생성.

 

 

3D linker design model

- DeLinker : 2개 fragment의 3차원 배양을 고려하여 최적의 liner를 디자인하는 모델

- Deep Generative Models for 3D Linker Design, https://doi.org/10.1021/acs.jcim.9b01120

- https://github.com/oxpig/DeLinker

- 기존의 데이터베이스 기반 방법들보다 실제와 유사한 분자들을 생성함.

- Docking 계산시 더 안정한 구조들이 만들어짐.

- 실험으로 검증된 분자를 실제로 디자인함.

 

 

 

Reference

- Graph기반 deep generative model을 이용한 분자 디자인2ㅣ임재창, https://youtu.be/XGbNtPZK82U

- https://blog.naver.com/hits_inc/222415287818

- Scaffold-based molecular design with a graph generative model, https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2020/sc/c9sc04503a

- DeepScaffold: A Comprehensive Tool for Scaffold-Based De Novo Drug Discovery Using Deep Learning, https://doi.org/10.1021/acs.jcim.9b00727

- DRUG DESIGN – Fragment-Based Drug Design: Delivering Drugs That Hit Multiple targets, Leveraging Insights From Systems Biology, https://drug-dev.com/fragment-based-drug-design-delivering-drugs-that-hit-multiple-targets-leveraging-insights-from-systems-biology/

- AutoDock Vina 1.2.0: New Docking Methods, Expanded Force Field, and Python Bindings, https://doi.org/10.1021/acs.jcim.1c00203

- Semi-supervised learning 방법론 소개, https://blog.est.ai/2020/11/ssl/