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Study

Population genetics

by wycho 2020. 6. 25.

집단유전학의 이론은 다음과 같이 나눌 수 있다.

1. Hardy-Weinberg principle

2. Wright-Fisher model (forward in time)

3. Coalescent model (backward in time)

 

1. Hardy-Weinberg principle

: Infinite population size에서 모집단의 대립유전자와 유전자형 빈도수는 다른 진화적 영향(evolutionary influences)이 없는 경우 세대에 따라 일정하게 유지될 것이다 (Mendelian inheritance). 여기서 가정이라고 할 수 있는 진화적 영향으로는 genetic drift, mate choice, assortative mating, natural selection, sexual selection, mutation, gene flow, meiotic drive, genetic hitchhiking, population bottleneck, founder effect,  inbreeding이 있다.

 

[ Allele frequencies ]

 

2. Wright-Fisher model (Forward in time)

: Genetic drift의 수학적 model 중 하나이며, 몇 가지 가정이 있다.

- 세대는 overlap되지 않는다. (discrete generation)

- 다음 세대의 alleles는 현재 세대의 alleles가 random하게 선택되어 나타난다. (random mating, no selection)

- N diploid individuals in each generation. (finite population size)

 

[ Wright-Fisher model ]

 

3. Coalescent model (backward in time)

- 물리학에서 Coalescent란 단어 그대로 두 개 또는 그 이상의 물방울 또는 입자가 합쳐져 하나가 되는 과정을 이야기 한다. 아래 그림에서 Colalescence-Event로 표시한 부분이 backward in time에서 하나로 합쳐지는 event가 일어나는 지점이다. 좀 더 자세한 내용은 Coalescent theory를 참고하면 된다.

 

[ Coalescence-Events of the green individuals ]

 

 

Reference

- http://www.incodom.kr/Population_genetics

- http://genetics.wustl.edu/bio5488/files/2016/03/Bio5488_PopGen_2016_Lecture1.pdf

- http://genetics.wustl.edu/bio5488/files/2016/03/Bio5488_PopGen_2016_Lecture2.pdf

- http://www.sfu.ca/biology/courses/bisc869/869_lectures/MHP_Coalescent.pdf

- http://ib.berkeley.edu/courses/ib200/2016/labs/11/coalescent_lecture.pdf

- https://cme.h-its.org/exelixis/web/teaching/seminarSlides/example2.pdf

- ko.wikipedia.org/wiki/하디-바인베르크_원리

 

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