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PyHLA Python for HLA analysis: summary, association analysis, zygosity test and interaction test. - Paper : https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1496-0 - Github : https://github.com/felixfan/PyHLA Installation $ pip install pandas numpy scipy statsmodels $ sudo apt-get install python-qt4 # for GUI $ git clone https://github.com/felixfan/PyHLA.git # PyHLA runs on pyth.. 2021. 5. 11.
PRSice-2 Polygenic Risk Scores analysis - Homepage : https://choishingwan.github.io/PRS-Tutorial/ - Basic : http://www.prsice.info/quick_start/ - Paper : https://academic.oup.com/gigascience/article/8/7/giz082/5532407 : https://doi.org/10.1038/s41596-020-0353-1 - Author : https://choishingwan.github.io/ - Github : https://github.com/choishingwan/PRSice Requirement - Base data (GWAS QCed summary statistic.. 2021. 5. 10.
Strand-ambiguous SNPs https://support.illumina.com.cn/bulletins/2016/06/simple-guidelines-for-identifying-topbottom-topbot-strand-and-ab-allele.html Simple guidelines for identifying top/bottom (TOP/BOT) strand and A/B allele 02/19/20 It can be challenging to determine the DNA strand and allele designations for a single nucleotide polymorphism (SNP) because strand designations and orientation can differ depending on .. 2021. 5. 10.
mRNA Vaccine mRNA 백신은 mRNA가 코팅되어 있고, 팔뚝에 주사하게 된다. 주입된 mRNA는 세포로 들어가게되고, 리보솜으로 간다. 리보솜에서 mRNA를 읽어 스파이크 단백질(piece of spike protein)을 만든다. 이후, 스파이크 단백질을 만드는데 관여했던 mRNA는 RNases에 의해 파괴된다. ( Vaccine mRNA는 세포핵에 들어가지 않고, 세포의 DNA를 바꾸지 않는다. ) 생성된 스파이크는 세포 표면으로 올라간다. immune system에 의해 스파이크가 붙은 세포는 정상세포가 아님을 인식하도록 하게되고, B lymphocytes 에서 antibody를 만들도록 한다. 바이러스가 침투하면, 만들어진 antibody는 바이러스 spike에 달라붙게 되고, 이 세포를 dendritic c.. 2021. 5. 8.
Simple example Deep learning 은 기본적으로 다음과 같은 과정을 거친다. set data -> define a model -> compile -> fit -> evaluation -> predition 모델을 정의하는 부분이 핵심이고, 성능을 결정한다. Binary classification : 8 feature를 사용해서 모델과 맞는지 아닌지 binary 결과 예측. from tensorflow.keras.models import Sequential from tensorflow.keras.layers import Dense from sklearn.model_selection import train_test_split # set data X_train, X_test, y_train, y_test = train.. 2021. 5. 7.
Talos 보호되어 있는 글 입니다. 2021. 5. 7.
Nextflow for pipelines 보호되어 있는 글 입니다. 2021. 5. 5.
암치료에 대한 생각 약물을 통한 암치료를 하다보면 약물에 대한 내성으로 인해 약물을 주입하여도 치료가 되지 않는다. 내성이 생기는 이유는 무엇일까? 내성이 생기는 이유로는 1. 약물에 반응하지 않는 유전자를 가진 암세포들만 살아남았기 때문일수 있고, 2. 암세포에 변이가 일어나 약물에 반응하지 않게 되는 경우가 있다. (위 두 가지 외에도 약물이 작용하는 원리에 따라 다양한 방식의 약물이 작동하지 않는 이유가 있다.) 사용하는 약물에 내성이 생기면, 다른 약물을 넣어서 암치료를 시도한다. 하지만 교차저항(cross-resistance)을 보인 약물일 경우, 치료에 사용할 수 있는 약물은 현저하게 줄어들게 된다. 약물을 주입하는 방식도 고려해야 한다. 혈액을 통해 약물을 주입한다고 해보자. 혈액을 통과한 약물이, 타겟으로 하.. 2021. 4. 26.
Reference Mukund Sundararajan - https://sites.google.com/site/sundararajanmukund/ - https://dblp.uni-trier.de/pid/68/3061.html - https://github.com/ankurtaly/Integrated-Gradients - https://towardsdatascience.com/understanding-deep-learning-models-with-integrated-gradients-24ddce643dbf 2021. 4. 26.
DRAGEN 보호되어 있는 글 입니다. 2021. 4. 22.
The art of using t-SNE for single-cell transcriptomics The art of using t-SNE for single-cell transcriptomics - Paper : https://www.nature.com/articles/s41467-019-13056-x - Github : https://github.com/berenslab/rna-seq-tsne - Demo : https://github.com/berenslab/rna-seq-tsne/blob/master/demo.ipynb Reference - scRNA-seq data analysis tools and papers, https://github.com/mdozmorov/scRNA-seq_notes - Analysis of single cell RNA-seq data, https://scrnaseq.. 2021. 4. 16.
DNA 5' to 3' direction DNA가 나선 모양으로 꼬이는 것은 일차적으로 디옥시리보스와 인산의 중합 형성으로 생기는 구조 때문이다. DNA(DeoxyriboNucleic Acid): Deoxyribose와 인산기(phosphate)를 backbone으로 사용하고, ACGT 염기가 붙는다. RNA(RiboNucleic Acid): Ribose와 인산기를 backbone으로 사용하고, ACGU의 염기가 붙는다. Reference - https://m.blog.naver.com/applepop/220417203594 - 의사들을 위한 유전체의학 특강10, http://www.medigatenews.com/news/3261360825 2021. 4. 15.
X-rays size up coronavirus protein structure at room temperature X-rays size up coronavirus protein structure at room temperature https://www.theweek.in/news/health/2020/06/30/xrays-size-up-coronavirus-structure-at-room-temperature.html 2021. 4. 15.
Immunotherapy 보호되어 있는 글 입니다. 2021. 4. 14.
분자생태학 톺아보기 분자생태학 톺아보기 https://www.ibric.org/myboard/list.php?Board=news&PARA3=49 [분자생태학 톺아보기] 8편 – 생명다양성을 지키는 보전유전학 [분자생태학 톺아보기] 7편 – 아는만큼 보인다. 은밀다양성 (cryptic diversity) [분자생태학 톺아보기] 6편 - 적응 유전자의 진화, MHC 유전자 [분자생태학 톺아보기] 5편 - 환경 DNA (Environmental DNA) [분자생태학 톺아보기] 4편 - 나의 이름을 불러줘, DNA 바코딩 [분자생태학 톺아보기] 3편- 생명의 나무, 계통수 [분자생태학 톺아보기] 2편 - 분자생태학에서 이용되는 마커들 [분자생태학 톺아보기] 1편 - 분자생태학의 서막 2021. 4. 14.
코로나19, 'SARS-CoV2'의 침입 통로 단백질로 유도해 잡는다면 코로나19, 'SARS-CoV2'의 침입 통로 단백질로 유도해 잡는다면 https://www.medigatenews.com/news/1521835916 2021. 4. 13.
HLA, Human Leukocyte Antigen https://bgreat.tistory.com/146?category=575079 - IPD-IMGT/HLA Database : https://github.com/ANHIG/IMGTHLA $ wget https://github.com/ANHIG/IMGTHLA/raw/Latest/hla.dat Reference - HLA검사, https://labtestsonline.kr/tests/hla - Human Leukocyte Antigen, https://en.wikipedia.org/wiki/Human_leukocyte_antigen - https://elifesciences.org/articles/48476 - 주조직 적합성 복합체 MHC, https://ko.wikipedia.org/wiki/주조직 적.. 2021. 4. 13.
Immune-Related Adverse Events 암면역치료제는 다양한 면역관련 이상반응(immune-related adverse event, irAE)를 동반. 이전 세포독성항암제에서는 볼 수 없었던 부작용으로서, 특히 면역 반응과 밀접한 연관을 가지고 있는 내분비계에 대한 irAE도 높은 빈도로 보고되고 있다. 면역 치료제 관련 이상반응 - 갑상선염 (Thyroiditis) - 뇌하수체염 (Hypophysitis) - 부신염 (Adrenalitis) * 부신 : 신장위에 붙어있는 기관, 스테로이드 호르몬과 아드레날린이 만들어짐. - 제1형 당뇨병 (Type 1 diabetes mellitus) - 부갑상선염 (Parathyroiditis) Reference - 암면역치료 연과 내분비 이상반응, https://synapse.koreamed.org/up.. 2021. 4. 12.
White Blood Cell Reference - White blood cell, https://en.wikipedia.org/wiki/White_blood_cell - 백혈구, https://namu.wiki/w/백혈구 2021. 4. 12.
Cytosis Cytosis is a transport mechanism for the movement of large quantities of molecules into and out of cells. There are three main types of cytosis: endocytosis (into the cell), exocytosis (out of the cell), and transcytosis (through the cell, in and out). Reference - Cytosis, https://en.wikipedia.org/wiki/Cytosis - Endocytosis, https://en.wikipedia.org/wiki/Endocytosis 2021. 4. 12.
Immune checkpoint Immune checkpoint : Cytotoxin T cell 수용체(receptor) PD1에 리간드(ligand) PDL1가 결합하여 Cytotoxin T cell을 비활성화 시킨다. Usage - TMB : tumor mutation burden, 종양 돌연변이 빈도 - ICT : Immune checkpoint therapy - CD8 : cluter of differentiation 8 - TCR : T-cell receptor - PD1 : programmed cell death receptor 1 - PDL1 : programmed cell death receptor ligand 1 - CTLA4 : cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 4 - MHC.. 2021. 4. 8.
GDC DNA-sequence analysis https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/DNA_Seq_Variant_Calling_Pipeline/ 2021. 4. 8.
면역 회피하는 바이러스, 언어분석 모델로 잡는다 면역 회피하는 바이러스, 언어분석 모델로 잡는다 https://www.sciencetimes.co.kr/news/면역-회피하는-바이러스-언어-모델로-잡는다 https://youtu.be/FBhQ15Fv1q8 http://people.csail.mit.edu/bab/ 2021. 3. 30.
Mendelian inheritance 우열의 원리 : 순종을 교배시켰을 때, 1세대에서 우성의 형질만 발현한다. 분리의 법칙 : 1세대를 자가수분하여 얻은 2세대는 3:1의 비율로 우성과 열성이 분리된다. 독립의 법칙 : 두 쌍 이상의 대립형질이 유전되는 경우, 각각의 형질은 독립적으로 발현한다. Reference - 멘델의 유전법칙, https://ko.wikipedia.org/wiki/멘델의_유전법칙 - [사이언스N사피엔스] 멘델의 유전법칙과 재발견, http://dongascience.donga.com/news.php?idx=41870 2021. 3. 29.
Mosdepth Bam file의 depth coverage 를 계산할 때 사용하는 프로그램이다. - Homepage : https://github.com/brentp/mosdepth - Execute file : https://github.com/brentp/mosdepth/releases $ wget https://github.com/brentp/mosdepth/releases/download/v0.3.1/mosdepth $ mosdepth -t 4 -b wes.bed output_name input_name output_name.mosdepth.global.dist.txt output_name.mosdepth.region.dist.txt output_name.mosdepth.summary.txt output_nam.. 2021. 3. 22.
CrossMap hg19 hg38 변환이 필요한 경우에 유용한 프로그램이다. - Homepage : http://crossmap.sourceforge.net/ - Github : https://github.com/liguowang/CrossMap $ pip3 install pyBigWig $ conda install pybigwig -c conda-forge -c bioconda # https://github.com/deeptools/pyBigWig $ pip3 install CrossMap 기본적인 사용방법 $ CrossMap.py bed $ CrossMap.py Program: CrossMap (v0.5.2) Description: CrossMap is a program to convert genome coordin.. 2021. 3. 20.
Protein fold 단백질은 자연에 존재하는 20가지의 아미노산들이 펩타이드 결합으로 연결되어 있고, 이를 단백질의 기본구조(primary structure) 또는 1차구조라고 한다. 아미노산이 어떻게 모이느냐에 따라 국소적으로 안정한 나선형의 헬릭스 구조, 평평한 베타시트 구조를 이루고 또 특별한 모양이 없는 코일구조 등을 만들게 된다. 이를 단백질의 2차구조(secondary structure)라고 한다. 이러한 2차구조들이 서로 상호작용을 하면서 전체적으로 3차원적인 고유한 모양 (native structure)를 가지며, 이를 단백질의 3차구조(tertiary structure)라고 부른다. 각각의 단백질이 생체 내에서 각자 고유한 3차구조를 갖는다. 다시말해 단백질의 모양, 그 3차구조는 아미노산의 서열만으로 결정.. 2021. 3. 9.
Energy H20 -> H2 + (1/2)O2 => Gibbs energy = internal energy for chemical reaction + work for gas space - heat energy by environment => ∆G (237 kJ) = ∆U (282 kJ) + P∆V (4kJ) - T∆S (49 kJ) 2021. 3. 2.
다윈 다윈은 아직도 관찰 중이고, 진화론은 지금도 진화 중이다. - 김훈 외국에선 사기캐 위인 '진화론' 다윈, 한국에서만 모른다고? 최재천 교수가 알려주는 그의 모든 것 [다윈읽어드립니다 풀버전 EP.01] | 최재천 교수 https://youtu.be/cFWTY9CXId8 잔잔하게 듣는 '진화론' 다윈의 이야기! 위대한 과학자 다윈에게도 있었던 숨 막히는 흑역사 [다윈읽어드립니다 풀버전 EP.02] | 최재천 교수 https://youtu.be/ct9nxTfZ10E 수학 못하는 세계 최고의 과학자 다윈의 이야기, 지금부터 최재천 교수가 들려드립니다 [다윈읽어드립니다 풀버전 EP.03] | 최재천 교수 https://youtu.be/9fikjd3eB0g 종족 보존은 없는 본능이다. '동물 번식'의 숨겨진 비.. 2021. 2. 15.
2016 The impact of structural variation on human gene expression Colby Chiang, Alexandra J Scott, Joe R Davis, Emily K Tsang, Xin Li, Yungil Kim, Tarik Hadzic, Farhan N Damani, Liron Ganel, GTEx Consortium, Stephen B Montgomery, Alexis Battle, Donald F Conrad & Ira M Hall Nature Genetics volume 49, pages692–699(2017) https://doi.org/10.1038/ng.3834 Highlight Fine-mapping of causal variants at GWAS loci has proven difficult because the majority (~88%) of causa.. 2021. 2. 8.

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